魔导工厂
飞空艇落地之后右边就是阿尔布克镇，进去买入三枚魔法反弹戒指，然后出城，向西北方前进，帝都就在这块大陆的正中心脏位置。帝都的宿屋是间黑店，晚上睡觉会被偷钱……往上走是皇城，不过遍地的帝国军，无法正面突破，在左图所示位置找到回归者组织的接应人，跟他接头，由他去吸引帝国守卫的注意力，然后跳上内侧的箱子，爬上钢管，顺着钢管绕到守卫后面，往上走就可以潜入魔导工厂。
进入魔导工厂之后，先从右图所示位置进入管道，可以找到一个宝箱，里面是火焰剑，一定几率启动炎系魔法，然后跳上铁钩，再从右边的管道下去，拿到一个以太，然后再从左边的管道进入传送带，沿途有三个宝箱，一路捡……
来到左图位置，别急着往右跳上传送带，先往下走，有两个门，穿过之后可以发现一个宝箱，箱中是一个帐篷。然后原路返回，再往左下方走，别急着上楼梯，楼梯口靠里有一个宝箱，里面是龙骑士之靴，战斗时高高跃起，下一回合从天空中攻击敌人，在跃起之后可以回避敌人所有攻击，是个好东西。然后上楼梯，有一个宝箱，里面是金盾，然后下升降机，再上传送带返回……
再次回到先前的位置之后，还是别急着往前，这次往右上方走，在右图位置有密道，密道中往右有密室，有两个宝箱，开了之后再从管道中掉回原地，此时再跳上传送带，来到地牢之中，变态的笑声传来，卡夫卡现身，赶忙躲藏起来，看到卡夫卡把两个幻兽扔入地牢之中，地牢中累累白骨记载着卡夫卡的罪行，跟黄色的伊夫里特对话即开打……
在此之前先去左边的房间里面记录一下，装备魔法反弹戒指，嘎装备一对魔法增幅耳环，BOSS战，敌人是伊夫里特和希瓦，分别只吃冰属性魔法和炎属性魔法，HP分别是3300和3000，干掉其中任何一个便可获胜，如果冰杖多的话扔冰杖吧，嘎扔一个就可以打掉伊夫里特HP2000+，两个可以处理掉伊夫里特，如果冰杖少的话，嘎变身火球炸弹，集中攻击希瓦。结束后伊夫里特和希瓦感应到拉姆的力量，遂决定自杀化身为魔石加入，
拿到魔石之后进右门，沿楼梯往上走，此时有机会遇到一种敌人跟踪器，最好在此遭遇一次，随后逃跑，在稍后冲出魔导工厂六连战之后再遇也行，但是稍后那段游戏难度颇大，不易操作，建议在此处遭遇一次。进入魔导研究所，注意在此有密道，站在右图所示位置，往下走到底，然后往左拐到底，然后往上，就可面对宝箱，打开后里面是一把石化刃。来到内室，遇到一个看门的守卫24号，一言不发即开打，BOSS战……
这个BOSS吃催眠和河童魔法，所以上来就先对BOSS催眠，然后其它人用魔法以及艾德的闪光灯猛攻，如果有人会河童，则对其使用河童魔法，注意不要用物理攻击，会打醒，一旦BOSS醒来要立即施以催眠，否则等24号转换属性之后很多魔法就失效了，要针对弱点打击。此战依然可以强攻，嘎装备一对魔法增幅耳环，变身电水母，一回合打掉24号HP1000+，大约放四次就可以搞定BOSS，如果嘎用物理攻击，则给24号补催眠。
往上走，来到魔导研究所内，两边的密封舱内存放着濒死的幻兽，幻兽的力量已竭尽，为了协助众人，幻兽们集体自杀变身成魔石加入。莎莉丝的养父西德博士现身，见此情景，倍感愧疚，打算进谏帝国皇帝，希望能够说服他放弃这种愚蠢的战争……卡夫卡现身，用言语离间了莎莉丝和洛克，使得洛克以为莎莉丝是潜入回归者组织内部的间谍，混乱之中卡夫卡指挥魔导甲击倒众人……
危机时刻，莎莉丝使出时空转换魔法，强行将自身与卡夫卡以及魔导甲脱出。方才巨大的冲击导致密封舱内能量倒流，引发震荡，魔导研究所内部就快坍塌了，西德博士领着众人乘坐升降机逃生，沿途西德博士告诉众人，他被卡夫卡胁迫从幻兽中抽取能量……
出了升降机之后，来到一个记录点前，在这里记录一下，马上将迎来恶战，低通的话再此要做点准备工作。首先，全员装备魔法反射戒指，艾德装备刚拿到的石化刃，洛克装备魔石魅影，其次如果刚领队的是莎莉丝，那么此时要调整队伍顺序，让嘎，艾德或洛克任意一人领队，这会影响等下敌人出现的顺序。准备好后记录一下，跟西德博士对话，卡夫卡就快追来了，西德博士赶忙把众人推上矿车脱出……
魔导工厂脱出六连战，这也是低通难点之一，不过如果计算得当并不算太难。当洛克，嘎或者艾德排头的时候，一般来说，第一战遇到的是一个紫色怪物暴走族，偶尔会遇到一个紫色和一个红色暴走族的组合，如左图所示，遇到这种情况就reset吧，六连战中只要遇到红色怪物就reset，低通只能承受紫色暴走族的经验。第一战战术：让艾德自己砍自己，要么石化要么战斗不能，一旦艾德被石化或战斗不能，嘎马上变身火球炸弹，解决战斗。
第二战，此战正常情况下是两个紫色暴走族，但是有低概率遇到四个红色的怪物，遇到这种情况还是reset吧，这一战目的是让嘎全吞所有经验，所以必需让洛克战斗不能，让洛克自己砍自己。这战难点并不在于杀敌，而在于洛克能不能快点死，因为洛克装备有魔法反弹戒指，所以嘎的怒和魔法都伤不了洛克，而敌人会不停地放魔法，一不小心就被反弹死了，所以必要时候要给暴走族补血。此战过后嘎升一级。
第三战，一个紫色暴走族，嘎马上用凤凰羽翼复活洛克，然后跟洛克一起解决战斗。注意，洛克复活之后没有魔法反弹，所以很容易被打死，要小心。此战过后，洛克升一级。第四战，两个紫色暴走族，用金针解除艾德石化或者用凤凰羽翼复活艾德，同理，艾德刚恢复的时候也没有魔法反弹，要尽快补充。第五战，两个紫色暴走族，没什么难度，三个人都站着呢，直接打死就是了，注意解决战斗时候保存足够的HP。
第六战，BOSS战，让艾德对洛克使用一个以太，补充MP，然后让洛克放幻兽魅影，全员隐身，嘎变身电水母，艾德用电钻和闪光灯解决战斗。并不算太难的一个BOSS，只要洛克放出魅影，基本上就搞定了。六连战所有恢复性道具诸如恢复剂，以太，金针之类的，能用就用，不要省，这里冲过去之后就自由了，后面想要啥有啥。撞飞守门的魔导甲之后，向出口处狂奔，
如果是低通的话，别走太快，留意这里一种敌人，就是左图中的那个跟踪器，在战场上砍掉之后会变成三个捕猎器，很重要，将来学习Lv.5即死基本上就靠它了，如果之前没有遇到过，这里一定要遇上一次，随后逃跑。来到出口处，西捷亚接应来了，上黑杰克号。变态的卡夫卡放出两个巨型的机械手臂钳制住了黑杰克号……BOSS战，夹击，不管第一轮如何，幸存的人向左边的机械手臂扔冰杖，三个冰杖可以解决掉左边的机械手臂；
接下来右边的机械手臂，雷属性弱，还记得洛克在南费加罗洞找到的雷杖么？就是留在这时候用的，扔吧。嘎变身电水母，艾德用电钻，迅速解决战斗。注意，此战左右两边的手臂都有属性吸收，左边是雷右边是炎，每吸收一次，就会储备能量并提示升级，储备能量到达三级之后就会放出全体魔法，如果是低通的话，挡不住这个全体魔法，所以低通此战一定要速战速决。右边的机械手臂有艾德的新机械弱点追加器可以偷，低概率出现。
如果此时没有冰杖和雷杖的话，也不是全无胜算，就是几率比较低而已。在开打之前让嘎装备一对魔法增幅耳环。有两种具体战术，第一种战术：嘎就变身成水蛇，水蛇的吐息全体水属性攻击对左右边的机械手臂都很管用，装备了魔法增幅耳环之后一击可以达到1300+的伤害，艾德用电钻强攻，洛克偷右边机械手臂，西捷亚如果活着就协助恢复，死了就不管了。因为左边的机械手臂的HP1800，右边机械手臂HP2100，所以先左后右比较合适，不过嘎打哪边不受控制，艾德和西捷亚集中攻左边吧，一旦左边被击破，右边就简单了，这样连冰杖和雷杖都可以不用就灭掉这个BOSS，胜率还行。
另外一种战术则是让嘎一开始变身电水母，祈祷嘎会向右边的机械手臂使出百万伏特，艾德再用电钻打一次便可解决右边的机械手臂，然后全体攻击嘎，打成石化或战斗不能都可以，再恢复嘎，最后嘎变身水蛇，群殴左边的机械手臂，注意不要让嘎对左边的机械手臂使出百万伏特……这样打的话，胜率似乎还高一点，总得来说就是依靠嘎的技能强攻掉一边的机械手臂，这是决定胜负的关键。
摆脱机械手臂之后，黑杰克号振翅翱翔在天际，飞空艇上洛克想起蒂娜，众人带着魔石来到了蒂娜身边，在魔导研究所拿到的六个魔石中一个就是蒂娜的父亲马丁，魔石与蒂娜产生共鸣，蒂娜恢复了意识，想起了她的身世……很久以前，在幻兽界，幻兽马丁在幻兽界的入口处救回了一名人类女子玛德琳娜，玛德琳娜对人类社会的贪婪和虚伪感到失望，于是投身于风暴之中试图结束自己的生命，不成想却被风暴吹到了幻兽界……
马丁挽留下玛德琳娜，并与之结为夫妇，两人爱情的结晶就是蒂娜……两年之后，帝国入侵幻兽界，危机时刻，幻兽们打算用魔法构建魔封壁，将人类社会与幻兽界隔离开；一些激进的幻兽将这场灾难归咎于玛德琳娜，玛德琳娜愤而出走，马丁追着玛德琳娜来到了入口处，马丁表达了对玛德琳娜的信任，巨大的风暴将马丁夫妇连同蒂娜卷出了幻兽界。在出口处，帝国皇帝发现了马丁夫妇，从玛德琳娜怀中夺走了蒂娜并下手杀害了玛德琳娜……
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